Пустозерск (ненецкое название – «Санэр Харад», коми – «Сардор» — царское селение) основан осенью 1499 года по указу великого князя Московского Ивана III. Военная экспедиция под командованием воевод князя Семёна Федоровича Курбского, Петра Фёдоровича Ушатого и Василия Ивановича Заболотского-Бражника «зарубила» острог на одном из рукавов дельты реки Печоры, в 100 км от ее впадения в Баренцево море, на берегу озера Пустое. Пустозерск стал центром Пустозерской волости с 1502 года, затем Пустозерского уезда с 1607 года. На протяжении XVI-XVII веков он являлся административным, экономическим, культурным и религиозным центром обширного Печорского края. Территория уезда простиралась с севера на юг от Баренцева моря до реки Вычегды, с востока на запад – от Уральских гор до реки Мезени. В Пустозерске ежегодно проводилась Пустозерская Крещенская ярмарка период Крещенских праздников.

Пустозерск был главным опорным пунктом в продвижении русских на северо-восток и освоении Крайнего Севера и Сибири. Он служил:

• Отправной точкой северных рудоискательных экспедиций (включая поиски меди и серебра на реках Цильма и Сула, а также первых попыток развития нефтяного дела в России).
• Базой для плаваний на арктические острова: Новую Землю (Матку), Шпицберген (Грумант) и к устьям сибирских рек.
• Ключевым пунктом на Мангазейском «морском ходе» (до 1619 г.) и сухопутном Чрезкаменном пути за Урал (до начала XVIII в.).
  В остроге находились воеводское управление, приказная изба, таможня, тюрьма (построена в 1643-1644 гг.), торговые лавки, «изба для рудознатцев», кабак.

С возведением в начале XVII в. Георгиевской кладбищенской церкви, все четыре православные церкви (соборный храм во имя Преображения Господня, Введенская и Никольская) одновременно существовали с 1706 по 1847 годы. Население занималось рыболовством, охотой, животноводством, промыслом морского зверя и торговлей. Данные из книги-платёжницы за 1574-1575 гг. свидетельствуют о 144 дворах (92 русских, 52 коми) и 282 жителях мужского пола (общая численность с женщинами и детьми могла достигать 500 человек). К 1611 году количество дворов превышало 200.

План города Пустозёрска из фондов Ненецкого краеведческого музея  (XVIII век)

Пустозерск постепенно терял своё значение. Это связано со многими факторами:.

• Закрытие путей: Указ царя Михаила Федоровича в 1620 году запретил торговлю с иностранцами на Севере, кроме Архангельска, и закрыл морской путь в Сибирь, лишив Пустозерск роли перевалочной базы. Указ Петра I в 1704 году запретил использовать Черезкаменный путь, окончательно подорвав стратегическое значение городка.

• Обмеление протоки: Протока Городецкий Шар, связывавшая озеро с Печорой, обмелела, затруднив подход к городку по воде.

• Административные реформы: Согласно «Уложению о губерниях» 1775 года Пустозерский уезд был упразднён в 1780 году, его территория вошла в состав Мезенского уезда Архангельской губернии (с 1784 г.), Пустозерск стал центром Пустозерской волости. Воеводская канцелярия и гарнизон были переведены из Пустозерска в Мезень.
  Экономика пришла в упадок, население резко сократилось.

С середины XVII века Пустозерск стал одним из главных мест политической и религиозной ссылки в России. Здесь содержались:

• Идеолог раннего старообрядчества, писатель протопоп Аввакум Петров и его сподвижники: священник Лазарь, инок Епифаний, дьякон Феодор (Благовещенского собора Московского Кремля) и протопоп Никифор (умер в ссылке). Сначала они жили в отдельных избах, позже заточены в специально построенной тюрьме. Она состояла из четырех отдельных земляных темниц («яма в земле»), каждая размером примерно 2 х 2 метра и высотой до потолка чуть более 2 метров, обнесенных общей оградой. Здесь Аввакум создал свое знаменитое «Житие».

• 14 (24) апреля 1682 года состоялась казнь (сожжение в едином срубе) Аввакума и его сподвижников за «великия на царский дом хулы».  
• Участники восстаний под предводительством Кондратия Булавина (1707-1709), Степана Разина (1670-1671), Емельяна Пугачёва (1773-1775), Соловецкого «сидения».
• Опальные государственные деятели: боярин Артамон Сергеевич Матвеев и его сын Андрей Матвеев (будущий сподвижник Петра I, ссылка 1676-1680), князь Семён Щербатов, князь Иван Григорьевич Долгоруков (из рода Долгоруковых, ссылка 1730-1739), боярин Сергей Алексеевич Пушкин (дальний родственник поэта), бывший иеромонах Симеон (самозваный архиерей, 1729 г.).

Хроника Пустозерского уезда XVIII в.

Начало XVIII в.

• На реках Оме и Вижас (Канинская тундра) месяцами основаны старообрядческие скиты.

• На о. Долгий (Баренцево море) погибло от цинги 70 богомольцев, возвращавшихся на родину (в Сибирь) с богомолья из Соловецкого монастыря. Похоронены на острове, на мысу, называемом Сибирское кладбище.

1704 г.

• Указ о закрытии древнего печорского «чрезкаменного пути» в Сибирь.

1706 г.

• В Пустозерске  на кладбище на казенные средства, из лиственничного леса, вырубленного в соседних борах, построена Георгиевская церковь. На верху, над трапезной, был устроен придельный храм во имя Соловецких чудотворцев, преподобных Зосимы и Савватия.

• Пустозерский наместник: Кушемев Афанасий Борисович (1706 – июня 1712 гг).

1707 г.

• По Указу Новгородского Приказа установлен размер ясака с пустозерских  самоедов в размере 3 песцов с души, для канинских и тиманских самоедов – по 16 рублей 48 копеек с души в год.

1712 г.

• Нападения самоедов на Пустозерск .

• Пустозерский наместник: Жданов Матвей (сентябрь 1712 – конец 1714 гг.).

1714 г.

• Нападения самоедов на Пустозерск .

Июль 1715 г.

• По указу Петра I в Пустозерский  острог присланы мастеровые люди для перекрутки сырого пороха .

1718 г.

• Прибытие на Печору голландского галиота  Стенсена . Закуплены у пустозёров  семга соленая, «перье куропачье (куропачье) и кожи оленьи (и)».

17 марта 1719 г.

• В ссылку в Пустозерский  острог прибыл князь С.Щербатов, проходивший по делу царевича Алексея.

1719, 1720 - 1723 гг.

• Нападения самоедов на Пустозерск .

1721 г.

• Открытие мезенцем Григорием Черепановым нефтяного ключа на р. Ухте в Пустозерском  уезде.

21 февраля 1721 г.

• Начало нахождения в ссылке в Пустозерском  остроге бывшего капитана лейб-гвардии Преображенского полка Степана Мороза (ссылка до 1730 г.).

1723 - 1724 гг.

• Дело о пустозерском  еретике и чернокнижнике Степане Недосекове.

1724 г.

• Прибытие на Печору голландского галиота Т. Барца. Закуплены у пустозёров  семга соленая, сало ворванное, звери и большое количество птичьего пера.

1725 г.

• Прибытие на Печору голландского галиота Т. Барца. Доставлены соль «шпанская», вино, масло, олово. Вывезено 3543 пуда сёмги соленой, 4 пуда костей моржевых, 655 песцов (песков) белых, 1050 белок, 55 пудов птичьего пера.

1726 -1727 гг.

• Купцы из Пустозерска  Баженкин и Кокин направили на о. Вайгач судно «для рыбных, звериных и песцовых промыслов».

1729 г.

• В ссылку в Пустозерск  доставлен «бывший Семёновский поп» самозванец архиерей Симеон Иосиф.

1730 г.

• Поход отряда из 50 солдат и 90 «самоядцев-лучников» под руководством Саввы Дрыгалова из Пустозерска  навстречу отрядам карачейских ненцев. Поймано и доставлено в Пустозерск  «карачейских самоядцев-лучников  57 человек».

• Пустозерский комендант: Великопольский Яков (1730-1733 гг.).

• Окончание нахождения в ссылке в Пустозерском остроге Степана Мороза (начало 21 февраля 1721 г.).

4 июля 1730 г.

• Начало нахождения в ссылке в Пустозерске  опального князя И.Г. Долгорукого (ссылка до 1739 г.).

1733 г.

• Пустозерский комендант: Ростовцев Андрей (март 1733 - ?).

1734 г.

• В Пустозерске построена, взамен старой, новая Введенская церковь.

• Пустозерский комендант: Голиков (1734 - 1736 г.).

• Плавание на Печору В.Д. Ломоносова на гукоре «Чайка».

1734-1735 гг.

• Зимовка в Пустозерске (Пустоверске) участников Двинско-Обского отряда Великой Северной экспедиции.

1735-1736 гг.

• Зимовка в Пустозерске (Пустозерске) участников Двинско-Обского отряда Великой Северной экспедиции.

• Пустозерский комендант: Голиков (до 1736 г.).

1737 г.

• Плавание на Печору В.Д. Ломоносова на гукоре «Чайка».

1739 г.

• Окончание нахождения в ссылке в Пустозерске князя И.Г. Долгорукого (начало 4 июля 1730 г.).

1769 г.

• Пустозерский комиссар: Задырин (?) Михаил (1769 г.).

1771 г.

• Пустозерский комиссар: Черезов Иван (? -1771 гг.).

1772 г.

• Пустозерский комиссар: Ореховцев Пётр (1772 – 1777 гг.).

1777 г.

• Пустозерский комиссар: Немобожгин Тимофей (1777 – 1780 гг.).

1780 г.

• Окончание срока комиссара Немобожгина Тимофея (начало 1777 г.).

Пустозерск XIX-XXI вв.  
Население городка неуклонно сокращалось: 121 житель в 1926 г., 105 – в 1936 г., 24 дома и 183 жителя на 1 января 1928 г., 12 жилых домов в 1950 г. Тогда началось массовое переселение жителей в соседние деревни и город Нарьян-Мар (основан в 1935 г., в 20 км от Пустозерска). В 1962 году в деревню Устье (в 5 км от городища) был перевезён последний дом.  Пустозерск был официально исключён из списков населенных пунктов Ненецкого округа в 1967 г.

4 декабря 1974 г.  постановлением Совета Министров РСФСР № 624 Пустозерское городище было включено в список памятников истории и культуры государственного значения (объект культурного наследия федерального значения, рег. № 8310003000, ЕГРОКН № 831540255850006).

По инициативе доктора филологических наук Владимира Ивановича Малышева на месте Пустозерска установлен памятник-обелиск (архитектор В. М. Кибирев, возведен С. Т. Устиновым), сложенный из камней фундамента разобранной Преображенской церкви. (1964 г.).

Экспедиция под руководством Олега Владимировича Овсянникова (1987-1996 гг.) исследовала древнее городище (VI-X вв.) и святилище (VI-XIII вв.) в урочище Городище на реке Гнилка, поселение у впадения Гнилки в озеро Городецкое (VI-X вв.), остатки поселения на юго-восточном побережье озера в урочище Егоршина (Югорская) сопка (VI-X вв.), найдены артефакты пермского звериного стиля, следы производств.

В Нарьян-Маре создан Пустозерский комплексный историко-природный музей (1991 г.), переименован в Историко-культурный и ландшафтный музей-заповедник «Пустозерск» (2014). В его коллекции – дом Шевелёвых, перевезенный из Пустозерска.

Силами старообрядческой поморской общины установлен памятный знак и старообрядческий крест на предполагаемой месте казни узников (1989). По реке Печоре курсирует пассажирский теплоход «Пустозерск» (1994). В Нарьян-Маре установлен памятный знак к 500-летию Пустозерска (1999).

В Пустозерске построены и освящены памятные часовни в честь протопопа Аввакума и его соузников и трапезная старообрядцами-поморцами (27 апреля 2012 г.). В Нарьян-Маре на территории старообрядческой общины открыт барельеф Аввакуму (2020), в Заполярном старообрядческом поморском музее имени Аввакума Петрова при Нарьян-Марской общине создан макет экспозиции «Земляная изба» (2023), организуются крестные ходы.

Часовня во имя протопопа Аввакума в Пустозерске

Сотрудники музея-заповедника «Пустозерск» организуют экскурсионную программу с выездом на территорию городища, эколого-краеведческий палаточный лагерь летом (2 смены).

Нарьян-Марская епархия ежегодно проводит летний крестный ход в Пустозерске.

В Нарьян-Маре и селе Тельвиска есть улицы, названные в честь Пустозерска.

ул. Пустозерская в Нарьян-Маре

Пустозерск живёт в памяти людей, он связан с Арктикой. Его история продолжается в исследованиях учёных, краеведов, потомков, музейных работников. 

Пустозерск отметил свой 525 юбилей Всероссийской научно-практической конференцией «Музей. Город. Регион» в 2024 году.